Luokat kaikki C. L. asiaticus proteiineja

Link: http://prodata.swmed.edu/congqian/category.html

Proteiinit Candidatus Liberibacter asiaticus kerätään sivustot luokitellaan eri kategorioihin sen jälkeen, kun automaattinen ennustaminen ja manuaalinen curation. Klikkaamalla linkkejä johtaa yksittäisten luettelo proteiineja kategoriassa.

Näppäintä Proteiinit Osallistuvat Aineenvaihdunnan, Geneettinen ja Solujen Prosessi

Nämä proteiinit ovat hyvin tunnettu ja säilytetty useimmissa bakteerit ja he osallistuvat perustavanlaatuisia prosesseja. Proteiinien tämä luokka voidaan edelleen jakaa seuraaviin alakategorioihin:
Proteiinit osallistuvat aineenvaihdunnan polkuja: useimmat nämä proteiinit ovat entsyymejä, jotka katalysoivat kemiallisia aineenvaihdunnan reaktioita esiintyvien bakteerin.Yhteistyössä Tohtori Andrei Osterman, yritämme rakentaa aineenvaihdunnan verkon malli <->C. L. asiaticus näitä proteiineja. Joka antaa enemmän todisteita tukemaan toiminto ennusteita nämä proteiinit ja tuottaa luettelon tärkeitä proteiineja. Näistä keskeisiä proteiineja, me määrittää mahdollisia lääkkeiden kohde, jos tiettyjä olennaisia proteiineja puute orthlogs kasvien tai niiden järjestys ja rakenne ominaisuudet ovat tarpeeksi erilaisia, jotta tiettyjä vuorovaikutuksen huumeiden ja bakteerin proteiinia.
Proteiineja geneettisten tietojen käsittely, eli proteiineja, jotka osallistuvat DNA: n replikaatio, DNA-korjaus, transkriptio ja käännös.
Proteiineja tarvitaan solujen prosessi eli proteiinit osallistuvat kuljetus -, signaali transduktio, solujen liikkumista ja jakautumista.

Mahdollista virulenssitekijät

Koska taudinaiheuttaja, tämä bakteeri olisi salainen jotkut virulenssitekijät vuorovaikutuksessa isäntä puolustus-järjestelmiä, ja nämä proteiinit ovat tärkeitä tavoitteita, valvoa tautia. Se ei ole vähäpätöinen tehtävä tunnistaa tällaisia proteiineja. Se, että C. L. asiaticus ei ole Type III ja Type IV proteiinin eritystä järjestelmä tekee siitä vieläkin vaikeampaa ennustaa mahdollisia mikseri, kuten useimmat mikseri tunnistettu muita bakteereja erittyy nämä kaksi eritystä järjestelmä. Kuitenkin, kuten me manuaalisesti tarkistaa kaikki proteiinit L. C. asiaticus, voimme saada eniten suspecious mikseri ottamalla huomioon paikalliset erityispiirteet, evoluution historiassa ja mahdollinen toiminto proteiinin päätellä homologeista. Olemme vielä yrittää lisätä enemmän proteiineja luetteloon valitsemalla homology suhde C. L. asiaticus proteiinit ja tunnettu virulenssitekijät alkaen muut bakteerit.

Faagin Proteiineja

C. L. asiaticus genomin kantaa integroitu prophage, joka on vahvistettu viime sekvensointi SC1 faagin genomin [1]. Lisäksi koko SC1 prophage genomin, tämä bakteerit myös prossess muut faagin proteiineja, mahdollisesti johtuvat joitakin antiikin integrointi faagin genomin.

Mahdollista Proteiineja Jäänyt NCBI-Geenin Ennuste Putki

NCBI-geenin ennuste putki jäi joitakin mahdollisia proteiineja genomissa, mutta nämä proteiinit tunnistettiin toinen joukko geenin ennuste putki SIEMENISTÄ [2]. Jotkut näistä proteiinit näyttävät olevan pseudogenes kuten stop kodonien on erotettu geenit kahteen tai useampaan osaan. On mahdollista, että jotkut näistä geeneistä todella ovat menettäneet toiminto ja tulla psuedogenes; epäilemme kuitenkin, ainakin jotkut heistä, kuten he näyttävät olevan välttämättömiä selviytymisen bakteerit, pitäisi olla vielä ilmaistuna todellinen proteiineja. Näin me päivitetty meidän sivustot ja mukana nämä proteiinit saada kattavampi näkemys bakteeri.

Hypoteettisia Proteiineja, Jotka Voivat Olla totta

Jotkut proteiineja, vaikka havaita geenien ennustaminen putkistojen, tuskin näkyy merkki on todellinen toiminnallinen proteiinia, koska ne ovat liian lyhyet (alle 50 aa) ja ole läsnä muita lajeja. Me listattu kaikki nämä proteiinit.

References:
[1] Zhang S, Flores-Cruz Z, Zhou L, Kang BH, Fleites LA, Gooch MD, Wulff NA, Davis MJ, Duan YP, Gabriel DW. (2011) Ca. Liberibacter asiaticus’ kuljettaa leikkaaminen plasmidi prophage ja chromosomally integroitu prophage, että tulee lyyttinen kasvi-infektioita. Mol Kasvi-Mikrobi Vuorovaikutuksessa. 24(4):458-68.
[2] Overbeek R, Begley T, Butler RM, Choudhuri JV, Chuang HY, Cohoon M, de Crecy-Lagard V., Diaz N, Disz T, Edwards R, Fonstein M, Frank ED, Gerdes S, Lasi EM, Goesmann, Hanson, Iwata-Reuyl D, Jensen R, Jamshidi N, Krause L, Kubal M, Larsen N, Linke B, McHardy AC, Meyer F, Neuweger S, Olsen G, Olson R, Osterman, Portnoy V, Pusch GD, Rodionov DA, Ruckert C, Steiner J, Stevens R, Thiele I, Vassieva O, Ye Y, Zagnitko O, Vonstein V. (2005) osajärjestelmien lähestymistapa genomin merkintä ja sen käyttö hankkeen merkitä 1000 genomia. nukleiinihapot Res. 33(17):5691-702.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *